Foi fundada em 16 de abril de 1952 por vários pioneiros brasileiros e japoneses e emancipada em 1963.

 De ocupação inicial indígena, Naviraí, nos anos 1950, era apenas um campo desabitado. Foi a partir daí que começaram a chegar por avião e por barco os primeiros colonizadores de origem europeia.

Em 1955, com a construção da estrada que liga Naviraí a Dourados, começou a se desenvolver mais rápido. 

O município é conhecido pela sua diversidade de culturas, tendo influências japonesas, portuguesas, sul-americanas (paraguaias) e indígenas.

O turismo vem sendo decisivo no desenvolvimento do mercado de trabalho local. Naviraí é um importante destino turístico nacional graças aos seus vários eventos e belezas naturais. No mercado turístico, Naviraí faz parte do chamado Cone-Sul de Mato Grosso do Sul.

Entre os eventos importantes do município, os mais importantes são o Navi Folia (carnaval de rua do município), Exponavi (Exposição Agropecuária e Industrial de Naviraí, feira mais tradicional do cone-sul do estado), Fejunavi (festa junina do município) e Nippon Fest (evento baseado na cultura do Japão, com gastronomia e música típicas).