Sua construção começou no ano de 1908 e foi inaugurada em 21 de dezembro de 1912, originalmente era um prédio com uma pequena plataforma, com o movimento na estação o centro comercial que se concentrava às margens do Rio Aquidauana foi aos pouco sendo transferido próximo da estação.

O transporte ferroviário foi por muitos anos o principal meio de transporte da população da região, no ano de 1960 a antiga estação sofreu uma reforma ganhando linhas moderna com traços retos e até hoje preserva sua conservação.

O trem de passageiros encerrou seus trabalhos no ano de 1996 ficando apenas o trem de transporte de cargas em funcionamento.

No ano de 2009 a estação passa por uma revitalização para que o trem turístico Pantanal Express, trazendo turistas para conhecerem as belezas do Pantanal sul-mato-grossense, suas atividades foram encerradas no ano de 2013.

Hoje a estação abriga a Sala do Empreendedor, Casa do Artesão, CAT (Centro de Atendimento ao Turista) e um Restaurante.

A estação está localizada na rua Bichara Salamene, s/nº no centro de Aquidauana.